坐落在群楼正中的主殿，面宽、进深均为七间，平面呈正方形，重檐四角攒尖顶，周围有回廊。殿外檐下悬挂乾隆帝御题“万法归一”云龙陡匾，用汉、满、蒙、藏四种文体书写。整个殿顶全部采用鎏金鱼鳞瓦覆盖，耗费头等金叶万余两。殿内陈设为复原陈列，佛龛后安置的宝座床，系乾隆帝特为西藏政教首领达赖喇嘛设置的。乾隆三十六年（1771）,普陀宗乘之庙落成时，八世达赖强白嘉错年仅13岁，尚未坐床，不能前来朝觐，特设此座虚位以待，以示乾隆帝尊崇藏传佛教之意。